Dans le cadre de l'infrastructure de recherche "Pôle national des données de biodiversité" (PNDB de son petit nom), les réflexions et actions en cours sur les aspects FAIRisation de la donnée, mais plus généralement des objets de recherche en écologie, proposent la mise en place de produits et services, autour de la donnée de biodiversité, "aussi FAIR et open que possible".
Grâce au support du réseau DevLOG (réseau des acteurs du Développement LOGiciel au sein de l'Esneignement Supérieur et de la Recherche), le PNDB organise une première action ouverte à tous de type atelier de travail / "collaboration fest" incluant un aspect formations introductives.
Cette action se déroule du 6 au 8 novembre en cette belle station marine de Concarneau et a pour but notamment de tester l'intérêt de la mise en place d'un tel événement annuel dédié aux communautés en écologie.
Programme
Pour cette première édition, le programme prévisionnel est volontairement assez ouvert et le mode de participation assez libre (aucune obligation de suivre l'ensemble des formations introductives par exemple si vous souhaitez utiliser pleinement les 48h du collaboration fest pour avancer sur un sujet de développement en particuliers).
La première journée du 6 novembre (10h30 - 18h) débutera par un accueil café à 10h30 et une introduction de type séminaire de 11h à 12h. L'après midi sera dédiée aux formations introductives, sujets proposés :
Bonnes pratiques de travail avec R, RStudio, R Shiny, initiation à l'utilisation de git et GitHub
Initiation à l'utilisation de Docker
Initiation au développement de package conda et d'outils Galaxy à partir de scripts et packages R
Les journées du 7 novembre (9h-18h) et du 8 novembre (9h-14h) seront dédiés aux ateliers de travail, vous venez avec vos sujets de développement sur lesquels vous souhaitez travailler durant les 2 jours et/ou vos compétences et/ou envies d'aider certains pour leurs projets. Une liste de sujets "chapeaux" d'intérêt est proposé ci-dessous :
Création de scripts R en mode fonctions/packages
Développement d'applications Shiny
Création de packages conda
Passage de scripts R / application Shiny (ou autre) en containers
Développement de scripts de visualisation (notamment SIG)
Création d'outils Galaxy depuis scripts R
Travail autour des métadonnées (amélioration outils, hacks, amélioration de descriptions de métadonnées) et notamment autour du standard EML (Ecological Metadata Language) et/ou compendium
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